Was ist die Datenbank?
Unsere Datenbank beinhaltet die makromolekularen Modelle der SARS-CoV und SARS-CoV-2 Proteine sowie die wichtigsten Strukturen menschlicher Coronavirus-Interaktionspartner. Hier finden Sie tausende experimentell bestimmte makromolekulare Strukturen — Originaldateien sowie neu prozessierte und modellierte Strukturen.
Alle Strukturen sind evaluiert worden. Zusatzlich wurden einige Strukturen händisch überprüft (siehe grüner Haken bei "Refinement"). Wenn wir dabei eine signifikante Verbesserung der Strukturen erreichen konnten, haben wir das verbesserte* Modell ebenfalls in der Datenbank.
*Diese Verbesserung stellt natürlich keinerlei Kritik an den herausragenden Leistungen anderer Forschungsgruppen dar; es geht darum, die Grenzen unserer modernen Methoden auszureizen, um jedes Bisschen biologischer Informationen zu extrahieren.
Unsere Datenbank ist eine globale und öffentliche Ressource für die makromolekularen Strukturen aus beta-Coronaviren, insbesondere SARS-CoV and SARS-CoV-2. Forschende können unsere Erkenntnisse nutzen, um die Viren und bestimmte Strukturen besser zu verstehen und Wirkstoffe gegen COVID-19 zu entwickeln.
Wo finde ich die Datenbank?
Neben der Tabelle am Seitenende kann die Datenbank über unser GitHub repository abgerufen werden. Informationen zur Beschaffenheit der Daten finden Sie hier.
Methodik
Die Vorgehensweise und Erklärungen zu unserer Forschung werden unter "Das Vorgehen" erklärt. "Auswahl der richtigen Struktur" gibt Hilfestellungen zur Bewertung der Strukturen und "Qualitätsindikatoren" einen Überblick über gängige Kriterien.
Die Daten
Die gesamte Tabelle gibt es auch hier:
https://github.com/thorn-lab/coronavirus_structural_task_force/blob/master/utils/database/stats.db